Ни когда не обновлял Git таким образом но сейчас попробуем.
Качаем дистрибутив Git от сюда: https://git-scm.com/download/win

Естественно под свою разрядность, ну или как хотите… Я скачал под свою, чтобы обновить предыдущую установку.
Ну и запускаем скачанный файл…

После нажатия Next установщик не спросил путь, так что есть надежда что обновление пройдет гладко. И на следующем этапе уже выбраны те опции что я выбирал в предыдущей установке:

Далее так же выбрана опция что я выбирал прежде:

Далее опять мой предыдущий выбор:

Далее опять мой предыдущий выбор:

И опять мой предыдущий выбор:

А вот потом он поступил не красиво :( Этот установщик, он тупо удалил предыдущую мою установку. Со всеми моими настройками. Хотя я их конечно забекапил до этого, но все равно не красиво так делать. И так как у меня запущенный Far Manager находился в каталоге Git, то произошел сбой установки, и по существу пришлось делать чистую установку.
И да, чтобы Git установился в Program Files установщик необходимо запустить с правами администратора.
Так что можно сказать что обновление провалено. Так как настройки терминала при обновлении не сохраняются :(
По существу все изменения что у меня были хранятся по пути C:\Program Files\Git\etc\profile.d в файле git-prompt.sh
Там настраивается внешний вид терминала Git. У меня, после моих настроек, он выглядит так:
